9 октября 1888 года в храме Святой Троицы в Самаре отпевали Емельяна Николаевича Шихобалова. При пении хоров двух храмов: Соборного и Спасо-Преображенского обряд провел преосвященный Герасим, епископ Самарский и Ставропольский. Проститься с известным купцом, бессменным строителем самого большого в городе собора пришла вся элита самарского общества.

Кафедральный собор решено было построить после неудавшегося покушения на императора Александра II в апреле 1866 года. Желая добрым делом отметить чудесное избавление государя от беды, власти обратились за разрешением построить храм во имя Христа Спасителя с приделом в честь Святого Благоверного Великого Князя Александра Невского, небесного покровителя монарха.

Высочайшее разрешение на сооружение храма последовало через несколько дней. 14 апреля, в день рождения Александра II, преосвященный Герасим, епископ Самарский и Ставропольский, в присутствии губернатора и многих горожан освятил место, где решено было воздвигнуть храм. На подготовительные работы городская дума выделила 15 тысяч рублей.

К 1869 году по подписке удалось собрать еще 24 тысячи. В апреле следующего года комитет по возведению собора возлагает обязанности «распорядителя постройки» на купца Емельяна Николаевича Шихобалова, «…как опытного в строительной части, пользующегося доверием граждан и состоящим членом комитета с начала постройки собора».

Купец не терял времени даром. Уже к осени была закончена кладка фундамента из бутового камня, уложено 725 тысяч штук кирпича, сделаны арки, соединяющие главные столбы собора, склеп. С наступлением холодов стройка остановилась, и губернский архитектор нашел, что все работы ведутся по утвержденному проекту, из хорошего материала, прочно и правильно.

Новый кафедральный собор Самары возводился исключительно на пожертвования граждан. И девятнадцать лет руководил строительными работами Емельян Николаевич. К 1887 году купец окончил возведение колокольни, а осенью следующего года подняли крест на ее главный купол.

Последнее время Емельян Николаевич часто болел. Он отказался от многих общественных обязанностей. Даже заседания Самарской городской думы, гласным которой был много лет, перестал посещать. Но самую главную свою обязанность исполнил до конца.

7 октября 1888 года городской голова П.В. Алабин собрал экстренное заседание думы. «В эту ночь, — объявил он, — скончался один из именитейших граждан Самары, один из достойнейших общественных деятелей, многие годы потрудившийся на пользу городского общества безвозмездным служением ему до последнего дня своей жизни».

Петр Владимирович предложил поставить на видном месте в соборе икону святого Емельяна, ангела усопшего. На бронзовой доске сделать соответствующую надпись. За такое решение гласные проголосовали единогласно. Строительство кафедрального собора продолжил другой Шихобалов – Антон Николаевич.