Филипп, в миру Феодор, родился в семье, принадлежавшей к древнему боярскому роду, в 1507 году. С детства он отличался от сверстников пристальным вниманием к изучению веры православной, особой любовью не к резвым играм, а к чтению книг и духовным беседам.

В 26 лет боярского сына представили Великому князю Василию (отцу будущего царя Иоанна Грозного). Вскоре после смерти Василия при дворе был раскрыт заговор против князя Телепнёва-Оболенского, многие родовитые люди поплатились свободой или жизнью. В числе казнённых оказались и родственники Феодора. Горе придало решимости молодому боярину, который давно желал оставить мир ради монашеского пути. Однажды летом, выйдя из храма, он направился не домой, а на север, в Соловецкую обитель. Не зная дороги, он был вынужден остановиться на берегу Онежского озера. Там он встретил некоего благочестивого крестьянина, нашёл у него приют и стал пасти скот и помогать по хозяйству. Вскоре бывшего придворного было не узнать, а здоровье его окрепло. Только к зиме паломник двинулся к Соловкам. Игумен монастыря велел испытать пришедшего на тяжёлых работах, однако Феодор с честью выдержал все испытания и даже пытался браться за серьёзные монашеские подвиги. Вскоре настойчивый послушник принял постриг с именем Филипп, а позже, стяжав любовь и признательность братии, внезапно удалился из монастыря в лес. Отшельничество длилось недолго: братия отыскала его и убедила заменить престарелого игумена на посту настоятеля обители.

Филипп развернул неутомимую хозяйственную деятельность: под его руководством были открыты разработки железной руды и поваренной соли, соединены в одно 52 озера, проложен канал, сооружена мельница. Филипп устроил пристань, больницу, гостиницу для паломников, деревянные строения заменил кирпичными (для чего основал кирпичный завод), окружил гранитными стенами обитель, завёл скотный двор истал разводить оленей, из шкур которых можно было шить одежду и обувь. Источники повествуют об изобретении «самодвижущейся телеги» и решет, которые «сами просеивали муку». При нём были воздвигнуты 2 величественных храма; Филипп сам разыскал и отреставрировал ряд древних святынь обители.

В 1565 году Иоанн Грозный вызвал Филиппа в Москву для возведения в сан митрополита. Филипп согласился при соблюдении одного условия: чтобы ему дано было древнее право «печаловаться» — заступаться перед царём не только за невинно обвинённых, но и за виноватых. Царь уступил, однако Филипп оказался слишком прямолинейным обвинителем придворной неправды и отстаивал оклеветанных и попавших в опалу, не боясь угроз. По ложному доносу он был лишён сана и перевезён в Богоявленский монастырь. Узник был невозмутим, чем только разъярил преследователей. По обвинению «в волшебстве» его приговорили к пожизненному заключению в темнице. Митрополит без ропота переносил голод, нечеловеческие условия, пытки и жестокость стражи. По преданию, все близкие опального митрополита погибли в страшных пытках, а голову любимого племянника палачи передали в темницу, чтобы усугубить страдания пленника. Однако и палачи иной раз не выдерживали виденного ими: цепи спадали с рук Филиппа сами собой, а впущенный к нему в темницу голодный медведь как ни в чём не бывало улёгся в углу каменного мешка, не причинив вреда молящемуся изгнаннику. Житие митрополита гласит, что святой принял смерть от легендарного палача времён Грозного царя – Малюты Скуратова.

Впоследствии сын Иоанна Грозного, царь Феодор Иоаннович, приказал перенести останки священномученика в Соловецкий монастырь. При вскрытии гроба мощи святого были обретены нетленными, а очевидцы оставили свидетельства о многочисленных исцелениях больных при гробе. В 1648 году Филипп, снискавший ещё при жизни почитание народа смиренной жизнью и самоотверженным заступничеством за невинных людей, был причислен к лику святых.