4 февраля 1774 года генерал Мансуров рапортует из Самары в Казань генерал-аншефу Бибикову, который руководил военными действиями против армии Е.Пугачева, о наказании батогами пугачевцев. Жестокое наказание «самарских жителей разного звания» последовало за горячую встречу сподвижника Пугачева Арапова и другие их преступления.

Как известно, пугачевский атаман Илья Арапов взял Самару без боя. Перед его приходом комендант Балахонцев, зная о зверствах пугачевцев, поддавшись слухам о большом числе людей и пушек в отряде Арапова, 25 декабря 1773 года с офицерами и 36 солдатами в панике бежал из города, бросив там артиллерию и большую часть личного состава гарнизона. В 80-ти верстах от города дождался подхода правительственных войск и вместе с ними повернул к Самаре. Участия в сражении за нее не принимал, со своими людьми прикрывал обоз.

Остальные 340 солдат гарнизона, духовенство и жители города встретили отряд Арапова хлебом-солью и колокольным звоном. Но удержать Самару пугачевцам не удалось. 28 декабря плохо обученные военному делу повстанцы, потеряв несколько сот убитыми и ранеными, бежали. Началась расправа над жителями, вставшими на сторону мятежников. Всех, кто был причастен к бунту, было велено «для страху жестоко наказать плетьми при собрании народа, приговаривая, что они против злодеев должны пребыть в твердости и живота своего как верные подданные щадить не долженствуют«.

Бывший комендант Балахонцев был смещен с должности, отдан под суд, признан виновным в сдаче крепости неприятелю и в оставлении своего поста. Приговорен к смертной казни через повешение. Однако главнокомандующий П.И.Панин заменил смертный приговор на разжалование бывшего капитана в солдаты с правом выслуги.

Генерал-аншеф А.И.Бибиков, руководивший подавлением пугачевского бунта, направил письмо архиепископу Казанскому с предписанием сменить и наказать церковнослужителей Самары, перешедших на сторону восставших (пугачевцев). Таковых набралось 9 человек, всех их после прибытия замены отправили в Казань. Прибывший из Симбирска подполковник Гринев разбирался, кто из жителей города наиболее виновен в поддержке мятежников. Всех бунтовщиков также отправляли в Казань, а прочих приводили к присяге и подписи, что они будут верными Императрице и не станут иметь тайных связей с изменниками и разбойниками. Взятие Самары и суровое наказание бунтовщиков полностью подчинило этот город правительству.