25 декабря 1773 года сподвижник Емельяна Пугачева атаман Илья Арапов занял Самару и с гордостью написал в донесении самозванному царю Петру Третьему: «Сего декабря 25 числа со всею вверенною мне командой под город Самару подошел и с коего города все жители вышед ко мне навстречу, со всем священным собором, со святыми образами, с молениями встречали и без всякого бою покорились«.

Далее он сообщал, что близ города окольные села и деревни также заявили о поддержке восставших, что захвачено 6 пушек, но денежную казну и порох увез комендант Самары Балахонцев.

Действительно, поддавшись слухам о большом числе людей и пушек в отряде Арапова, 25 декабря комендант Самары с командой волжских казаков и несколькими солдатами бежал из города, бросив там артиллерию и половину личного состава гарнизона. В 80-ти верстах от города дождался подхода правительственных войск и вместе с ними повернул к Самаре. Участия в сражении за нее не принимал, со своими людьми прикрывал обоз. Впоследствии он был смещен с должности, отдан под суд, признан виновным в сдаче крепости неприятелю и в оставлении своего поста. Приговорен к смертной казни через повешение. Однако главнокомандующий П.И.Панин заменил приговор на разжалование бывшего капитана в солдаты с правом выслуги.

Слух о дерзком мятеже донского казака Емельяна Ивановича Пугачева под Яицким городком (ныне город Уральск) быстро облетел всю Россию. В Самаре и крепостях Самарской линии об этом узнали раньше других. 17 сентября 1773 года бывший хорунжий, участник русско-турецкой войны Емельян Пугачев, назвавшись царем, опубликовал свой первый манифест. В нем он обещал казакам вернуть все привилегии, отнятые правительством, и призвал их, а также русских крестьян, калмыков и татар к восстанию. Бунт охватил весь Южный Урал, особенно после нескольких побед Пугачева над царскими войсками и взятия Оренбурга.

18 декабря 1773 года пугачевский атаман Илья Арапов получил приказ о наступлении на Самару. Отряд занял Борскую, Елшанскую, Красносамарскую, Мочинскую, Алексеевскую крепости и Ставрополь. Самара была окружена. Арапов послал к коменданту Балахонцеву своего гонца с требованием сдать город без боя, пригрозив обстрелом из 50 пушек (которых на самом деле было гораздо меньше). В панике Балахонцев с офицерами и 36 солдатами бежал из Самары. Остальные 340 солдат гарнизона, духовенство и жители города встретили отряд Арапова хлебом-солью и колокольным звоном. В губернии началась вербовка добровольцев в отряды Пугачева. Многие вступили в повстанческую армию и после разгрома пугачевцев поплатились за это.