Университет начал свой путь в 1973 году как Куйбышевский институт инженеров железнодорожного транспорта (КИИТ). Первым ректором ВУЗа был доктор технических наук, профессор Павлович Евгений Станиславович. Первые студенты учились по двум основным железнодорожным специальностям: «Строительство железных дорог, путь и путевое хозяйство» и «Управление процессами перевозок».

С февраля 2000 года по сентябрь 2002 года институтом руководил кандидат технических наук, профессор Левченко Анатолий Степанович. В этот период в академии была проведена серьёзная модернизация учебно-производственной базы, учебных корпусов и общежитий. Кроме того, были построены и введены в эксплуатацию семиэтажный лабораторный и административный корпуса, спортивный комплекс, православный храм и учебно-производственный полигон с подвижным составом и депо. Учиться в ВУЗе стало престижно, а спрос на выпускников среди работодателей значительно вырос.

Свои полномочия Анатолий Степанович передал в 2002 году профессору Ковтунову Александру Владимировичу, кандидату технических наук. В настоящее время Левченко является начальником Куйбышевской железной дороги, но по-прежнему относится к ВУЗу с особым вниманием.

Сегодня СамГУПС — единственный ВУЗ в Поволжском регионе, готовящий специалистов с высшим профессиональным образованием для железнодорожной и других направлений транспортной отрасли. В университете работают аспирантура, докторантура, докторский совет, широко внедряются инновационные образовательные технологии, в том числе, элементы дистанционного образования. СамГУПС плодотворно налаживает международные контакты с высшими учебными заведениями в Европе. Регулярно студенты академии, проходят учебно-производственную практику в крупнейших железнодорожных ВУЗах Германии.

В настоящее время в вузе обучаются более 10 000 студентов по 17 специальностям. Выпускниками университета может гордиться не только Куйбышевская железная дорога, но и ОАО «РЖД». К ним относится советник президента ОАО «РЖД» Шайдуллин Ш. Н., заместитель начальника финансовой службы Куйбышевской железной дороги Худотеплов Д. В., начальник инвестиционной службы дороги Блохин С. Г., заместитель начальника дороги Кутумов В. М., начальник Самарского отделения Куйбышевской железной дороги Атякин Д. И., начальник Башкирского отделения дороги Бучельников В. Л. и другие выдающиеся выпускники. Сегодня СамГУПС входит в сотню самых востребованных ВУЗов страны.