1 сентября 1908 года в Самаре на землях Николаевского мужского монастыря началось строительство здания духовной семинарии. Первоначально здесь задумывалось возведение церковно-учительской семинарии. Работы начались с кладки здания семинарской церкви. К 1904 году ее вчерне построили, приступили к отделочным работами. Но своды и главный купол неожиданно рухнули. Самарцы увидели в этом вину строителей и архитектора Т.С. Хилинского, который проектировал храм.

Пока духовные власти думали, что делать дальше, из Петербурга пришло сообщение об утверждении проекта здания духовной семинарии и домовой церкви при ней, составленного архитектором А.А. Щербачевым. Завалы рухнувшего храма расчистили, отобрали пригодный для работы материал и за год построили семинарию с домовой церковью во имя Святителя Иоанна Златоуста.

В марте 1918 года в этом здании разместили летчиков и техников гидроавиации Балтики, базу которых в городе Або пришлось перебазировать на Волгу после выхода Финляндии из состава новой России.

Двухэтажный корпус семинарии не пустовал никогда. В разные годы в нем размещались школа № 33, военно-политическое училище, а во время войны – общежитие для строителей эвакуированных заводов. После войны здание вновь передали управлению народного образования: в нем обосновалась средняя школа № 29 Сталинского района. В конце пятидесятых годов минувшего века школу закрыли, учеников перевели в школу № 32 на Полевой улице, а в здании бывшей семинарии открыли дворец пионеров Октябрьского района.

В 1992 году здание возвратили Самарской епархии и в нем начались реставрационные работы. Росписи в помещении сделали специалисты, возглавлял которых руководитель иконописных мастерских Троице – Сергиевой лавры. Весной 1994 года по благословению патриарха Алексия состоялось открытие Самарского духовного училища. В нем действовали два отделения: регентское и пасторское, на которых обучалось около 130 молодых людей.

17 июля 1997 года решением Священного Синода Самарское духовное училище преобразовано в семинарию. Она получила статус высшего учебного заведения. Ее ректором стал епископ Самарский и Сызранский Сергий.